Głównym celem funkcjonowania Europejskiej Sieci Ekologicznej Natura 2000 jest zachowanie określonych typów siedlisk przyrodniczych oraz gatunków, które uważa się za cenne i zagrożone w skali całej Europy. Drugim jej celem jest ochrona różnorodności biologicznej.

Podstawą funkcjonowania programu są dwie unijne dyrektywy tzw. Dyrektywa Ptasia i Dyrektywa Siedliskowa:

• Dyrektywa Ptasia (dyrektywa Parlamentu Europejskiego i Rady 2009/147/WE
  z dnia 30 listopada 2009 r. w sprawie ochrony dzikiego ptactwa - wcześniej dyrektywa Rady 79/409/EWG z dnia 2 kwietnia 1979 r. w sprawie ochrony dzikiego ptactwa) - określa kryteria do wyznaczania ostoi dla gatunków ptaków zagrożonych wyginięciem;
• Dyrektywa Siedliskowa (dyrektywa Rady 92/43/EWG z dnia 21 maja 1992 r.
  w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory) - ustala zasady ochrony pozostałych gatunków zwierząt, a także roślin i siedlisk przyrodniczych oraz procedury ochrony obszarów szczególnie ważnych przyrodniczo.

Na gruntach zarządzanych przez Nadleśnictwo Krasiczyn znajdują się następujące obszary sieci Natura 2000:

1. „Pogórze Przemyskie” (PLB180001) – obszar specjalnej ochrony ptaków powołany 05.11.2004r., którego celem ochrony jest utrzymanie populacji ptaków z Załącznika I Dyrektywy Siedliskowej poprzez zabezpieczenie kluczowych dla ich przetrwania fragmentów areałów życiowych (tereny leśne i polno-łąkowe), miejsc gniazdowania i żerowania (13 771,87 ha).

2. „Ostoja Przemyska” (PLH180012) – specjalny obszar ochrony siedlisk powołany 13.02.2009r., którego celami ochrony jest: zachowanie zróżnicowanych wiekowo siedlisk leśnych będących ostoją fauny, utrzymanie powierzchni i składu gatunkowego ekstensywnie użytkowanych łąk świeżych
   a zwłaszcza płatów obfitujących w kseromorfilne  gatunki flory i fauny, zachowanie naturalnego charakteru oraz utrzymanie czystości wód płynących będących siedliskiem wydry i gatunków ryb z Załącznika II Dyrektywy Siedliskowej (13 742,16 ha).

3. „Rzeka San” (PLH180007) – specjalny obszar ochrony siedlisk powołany 13.02.2009r., którego podstawowym celem ochrony jest zachowanie siedlisk oraz cennych przyrodniczo zespołów i gatunków ryb, w tym poprawa stanu zachowania gatunków, parametrów populacji oraz siedlisk gatunków w zakresie ciągłości rzeki i jakości wody (0,18 ha).

4. „Fort Salis Soglio" (PLH180008) – specjalny obszar ochrony siedlisk powołany 13.02.2009r., którego celem jest utrzymanie występowania mopka oraz poprawa warunków bytowania tego gatunku na wskazanym terenie. Bardzo ważnym zadaniem jest ograniczenie penetracji przez człowieka kluczowych miejsc zimowania nietoperzy. Dodatkową intencją jest poprawa stanu ochrony grądu poprzez rozbudowanie struktury wiekowej i poprawę zgodności gatunkowej (34,01 ha).

Nadzór nad obszarami Natura 2000 w Województwie Podkarpackim sprawuje Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Rzeszowie.